如何从酵母中提取到较纯的rna:实操提纯方案

从酵母中提取到较纯的RNA,主流可落地的方法为热酚法结合盐析纯化法,该方法依托《分子克隆实验指南(第四版)》通用酵母RNA提取规范,能有效去除酵母多糖、蛋白质、基因组DNA杂质,最终获得纯度OD260/280在1.9-2.1区间、完整性较好的RNA样品,适用于普通分子克隆、RT-PCR实验,不适用于需要超高纯度无降解RNA的转录组测序实验,整体操作门槛低、试剂常见,提纯成功率较高。

酵母菌体预处理(提纯基础步骤)

你需取新鲜活化的酵母培养液,以8000r/min离心5分钟收集菌体,弃尽上清培养液,避免残留培养基成分干扰后续提纯。用无菌DEPC水(无核糖酶纯水)重悬菌体沉淀,重复离心洗涤2次,彻底洗去菌体表面残留的糖分、蛋白杂质。洗涤后将菌体置于低温冰上静置备用,全程温度控制在4℃,大幅降低内源核糖酶降解RNA的概率,这是保障RNA完整性的核心前置操作。

裂解酵母细胞(释放完整RNA)

向预处理后的酵母菌体中加入等体积的酸性苯酚裂解液,同时加入0.1%的巯基乙醇,巯基乙醇可抑制核糖酶活性,减少RNA分解。充分震荡混匀后,置于65℃水浴加热15分钟,期间每隔3分钟颠倒混匀一次,让裂解液充分接触菌体,破碎酵母细胞壁与细胞膜,释放胞内全部核酸物质。水浴结束后迅速置于冰上冷却5分钟,终止裂解反应,防止高温持续破坏RNA结构。

分层萃取去除蛋白与多糖杂质

冷却后的裂解混合液,以12000r/min、4℃低温离心10分钟,体系会分层为有机相、中间蛋白层、上层水相,RNA仅留存于上层水相中。你需缓慢吸取上层透明水相液体,避免触碰中间白色蛋白层与下层有机相,防止蛋白、脂类杂质混入。吸取的水相液体移入新无酶离心管中,加入等体积氯仿-异戊醇混合液(比例24:1),再次震荡混匀、低温离心,二次萃取残留的微量蛋白杂质,进一步提升液体纯净度。

盐析沉淀富集RNA

萃取后的纯净水相,加入1/10体积的3mol/L醋酸钠溶液(pH5.2),轻柔混匀后加入2.5倍体积的预冷无水乙醇,置于-20℃环境静置30分钟,通过盐析作用让游离RNA充分凝聚沉淀。静置完成后以12000r/min低温离心8分钟,管底会出现白色微量RNA沉淀,直接弃去上清液,保留沉淀即可,该步骤可去除水溶性小分子杂质。

洗涤干燥去除残留试剂

你需用预冷的75%DEPC乙醇溶液洗涤RNA沉淀2次,每次洗涤后低速离心弃上清,洗去沉淀表面残留的盐离子、苯酚、乙醇杂质。洗涤完成后将离心管开盖置于超净工作台通风干燥3-5分钟,彻底挥发残留乙醇,注意不可干燥过度,否则会导致RNA变性难以溶解。

溶解与纯度检测

干燥后的RNA沉淀,加入适量无菌DEPC水轻柔吹打溶解,即可获得纯化酵母RNA。

通过紫外分光光度计检测纯度,合格纯品OD260/280为1.9-2.1,OD260/230大于2.0。

提取方法优劣对比

提取方法提纯纯度操作难度适用场景核心短板
热酚盐析法较高中等常规PCR、基因检测无法完全去除微量基因组DNA
试剂盒提取法高低测序、高精度实验实验成本大幅升高
普通裂解离心法(不推荐)低极低无精准实验需求蛋白、多糖杂质残留多,RNA易降解

该提取方案的适用边界为:仅适用于新鲜酵母菌体,冻存超过3个月的酵母菌体内源核糖酶活性大幅升高,提取的RNA易出现降解、纯度不达标问题,无法满足常规实验要求。

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